基因组论文(基因组文献)
1. 基因组文献
病毒侵染宿主细胞后，在宿主细胞内利用自身携带的限制性内切酶将宿主细胞的DNA连打开，之后用DNA连接酶将其连接上，之后就开始等待宿主细胞的DNA表达开始增殖。至于文献吗，好像基因工程课本上有，你可以看看去！
2. 基因组文库有哪些种类
基因文库的分类：
基因文库可分为基因组文库和rDNA文库。
基因组文库就是把某生物的整个基因组DNA切成适当大小的片段（包括目的基因在内），分别与载体DNA组合，导入微生物细胞，进行克隆繁殖后收集在一起作为长期保存的遗传物质库。
cDNA文库就是以生物细胞的mRNA为模板经反转录形成稳定的双螺旋DNA(即cDNA)，再将这些cDNA插入到载体DNA中，导入微生物细胞，所建立起来的克隆群。一个高质量的cDNA文库只代表了生物体某一器官或组织mRNA所含有的全部或绝大部分遗传信息。
cDNA文库与基因组文库相比，其突出特点在于cDNA来自反转录的mRNA,不含冗余序列，通过特异性探针筛选cDNA文库，可以较快地分离到相关基因。
而基因组文库特别是真核生物的基因组文库非常庞大，而且含有大量重复序列，无论采用何种分离方法都难以直接分离到靶基因片段。
3. 基因组研究
功能基因组学,又往往被称为后基因组学,它利用结构基因组所提供的信息和产物,发展和应用新的实验手段,通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能,使得生物学研究从对单一基因或蛋白质的研究转向多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。这是在基因组静态的碱基序列弄清楚之后转入基因组动态的生物学功能学研究。
研究内容:基因功能发现、基因表达分析及突变检测。
基因的功能包括:生物学功能,如作为蛋白质激酶对特异蛋白质进行磷酸化修饰;细胞学功能,如参与细胞间和细胞内信号传递途径;发育上功能,如参与形态建成等
4. 基因组学文献
dna数据库一般人是不会用到的，只有国家和有关部门机构才会有的。
DNA数据库即集合所有已知核酸的核苷酸序列，单核苷酸多态性、结构、性质以及相关描述，包括它们的科学命名、来源物种分类名称、参考文献等信息的资料库。基因和基因组的资料也包含在DNA数据库中。目前国际上比较重要的核酸(含蛋白质)一级数据库有美国的GenBank、欧洲的EMBL和日本的DDBJ。三个数据库信息共享，每日交换，故资料是一样的，唯格式有所不同。
5. 基因组文献解读
提取基因组dna过程中，如何去除蛋白质，多糖和脂类等生物大分子 不同生物（植物、动物、微生物）的基因组DNA的提取方法有所不同; 不同种类或同一种类的不同组织因其细胞结构及所含的成分不同，分离方法也有差 异。在提取某种特殊组织的DNA时必须参照文献和经验建立相应的提取方法, 以获得可用的DNA大分子。
尤其是组织中的多糖和酶类物质对随后的酶切、PCR反应等有较强的抑制作用,因此用富含这类物质的材料提取基因组DNA时, 应考虑除去多糖和酚类物质。 本实验以水稻幼苗为材料,学习基因组DNA提取的一般方法。 DNA 一、材料 水稻幼苗 二、设备 移液器，冷冻高速离心机，台式高速离心机，水浴锅，陶瓷研钵，50ml离 心管（有盖）及5ml和1.5ml离心管，弯成钩状的小玻棒。 三、试剂 1、提取缓冲液?：100mmol/L Tris?Cl, pH8.0, 20mmol/L EDTA, 500mmol/L NaCl, 1.5% SDS。 2、提取缓冲液?：18.6g葡萄糖，6.9g二乙基二硫代碳酸钠，6.0gPVP，240ul巯基乙醇，加水至300ml。
3、80:4:16/氯仿:戊醇:乙醇 4、 RnaseA母液：配方见第一章。
5、其它试剂：液氮、异丙醇、TE缓冲液，无水乙醇、70%乙醇、3mol/L NaAc。 四、操作步骤：
（一）水稻幼苗或其它禾木科植物基因组DNA提取 1. 在50ml离心管中加入20ml提取缓冲液?, 60?水浴预热。
2. 水稻幼苗或叶子5-10g, 剪碎, 在研钵中加液氮磨成粉状后立即倒入预热 的离心管中, 剧烈摇动混匀, 60?水浴保温30-60分钟(时间长,DNA产量高), 不时摇动。
3. 加入20ml氯仿/戊醇/乙醇溶液, 颠倒混匀(需带手套, 防止损伤皮肤)，室温下静置5-10分钟, 使水相和有机相分层(必要时可重新混匀)。
4. 室温下5000rpm离心5分钟。
5. 仔细移取上清液至另一50ml离心管,加入1倍体积异丙醇,混匀,室温下放置片刻即出现絮状DNA沉淀。 6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用钩状玻璃棒捞出DNA絮团,在干净吸水纸上吸干,转入含TE的离心管中,DNA很快溶解于TE。 7. 如DNA不形成絮状沉淀,则可用5000rpm离心5分钟, 再将沉淀移入TE管中。这样收集的沉淀,往往难溶解于TE,可在60?水浴放置15分钟以上，以帮助溶解。 8. 将DNA溶液3000rpm离心5分钟, 上清液倒入干净的5ml离心管。 9. 加入5μl RNaseA(10μg/μl), 37? 10分钟, 除去RNA(RNA对DNA的操作、分析一般无影响，可省略该步骤）。 10. 加入1/10体积的3mol/L NaAc及2×体积的冰乙醇,混匀,-20?放置20分钟左右,DNA形成絮状沉淀。
6. 基因组文章
高通量测序技术是一种测序技术，16S rRNA基因测序是一种测序策略，类似的策略还有基因组、宏基因组鸟枪法测序，转录组测序，宏转录组测序等，这些测序策略是通过高通量测序技术来实现的。
高通量测序技术的关键创新在于可逆终止PCR和荧光显微拍照的结合。详情如下：
第二代测序原理的详细解析！
16S rRNA基因也叫16S rDNA，16S rRNA基因测序是指通过PCR将微生物DNA中的16S rDNA扩增出来，由于测序读长限制一般只扩增1-2个区例如V3-V4、V4-V5区，扩增出来后通过高通量测序仪进行测序，从而获得序列信息，优点是成本低，缺点是无法获得功能基因，群落信息有限，目前优秀文章大都是宏基因组鸟枪法测序而不是16S rRNA。
7. 基因检测文献
做完RNA-Seq测序之后，往往会用QPCR来验证一下结果。
因为RNA-Seq测序数据得到的结果作为定量参考，参数的改变也会造成结果的不同。所以需要进行qPCR验证，表达水平的结果最终以实时定量PCR为准。一般需要验证基因的数目：20个左右 在验证时，往往会出现RNA-Seq测序结果和QPCR结果不一致的情况，遇到此类情况，因为这是正常现象（活久见）。原因可以查看我们之前的微信分享的文章（戳这里）。一个事实，我们看到的很多SCI都有验证实验部分，并且文章中的结果居然都是很好！很多同学心里更加捉急，为嘛我的结果不符合预期，为嘛我的结果这么挫？！ 其实呢也许作者验证了多个基因，结果选取了10个效果较好的，其他验证结果不好、与预期结果不符或者自己不能阐述清楚的部分基因则建议不在文章中呈现了。所以通常在文章中阐述了少数的几个，例如10个。具体验证多少个基因就要看准备发表的杂志水平和要求了。一般的文章验证20个左右就足够了。在RNA-Seq实验中设计生物学重复的，如果重复样本间相关系数高，只需要验证你关心的基因就行了。下面我们列出一些文献中用QPCR验证RNA-Seq的截图，包括Mrna、miRNA、Lnc-RNA，不难看出，很多基因QPCR的结果与RNA-seq是有出入的，乃们感受下。际蓝论文网版权声明：以上内容作者已申请原创保护，未经允许不得转载，侵权必究！授权事宜、对本内容有异议或投诉，敬请联系网站管理员，我们将尽快回复您，谢谢合作！
